નેશનલ ઇન્વેસ્ટિગેશન એજન્સી (NIA) એ આરોપ લગાવ્યો છે કે એલ્ગાર પરિષદ કેસના આરોપી ગૌતમ નવલખાના પાકિસ્તાનની ગુપ્તચર સંસ્થા ISI સાથે સંબંધ છે. NIAનું કહેવું છે કે નવલખાનું અમેરિકામાં ધરપકડ કરાયેલ ISI એજન્ટ સાથે કનેક્શન સામે આવ્યું છે. તપાસ એજન્સીએ આ આધારે બોમ્બે હાઈકોર્ટમાં ગૌતમ નવલખાની જામીન અરજીનો એફિડેવિટ આપી વિરોધ કર્યો છે. આમાં NIAએ એવો પણ દાવો કર્યો છે કે નવલખાએ એવા કામ કર્યા હતા, જેનાથી રાષ્ટ્રીય સુરક્ષા, સાર્વભૌમત્વ અને દેશની એકતા માટે સીધો ખતરો હતો.
નેશનલ ઇન્વેસ્ટિગેશન એજન્સીએ ચોકાવનારો દાવો કર્યો છે, કે ગૌતમ નવલખા ISI એજન્ટ ગુલામ નબી ફઈના નિયમિત સંપર્કમાં હતા અને ફઈ દ્વારા અમેરિકામાં આયોજિત ‘કાશ્મીરી અમેરિકન કાઉન્સિલ કોન્ફરન્સ’ને સંબોધવા માટે ત્રણ વખત અમેરિકાની મુલાકાત પણ લીધી હતી. ISI અને પાકિસ્તાન સરકાર પાસેથી નાણાં સ્વીકારવાના આરોપમાં ફઈની જુલાઈ 2011માં યુએસ જાસૂસી સંસ્થા એફબીઆઈ દ્વારા ધરપકડ કરવામાં આવી હતી. NIAએ કહ્યું કે નવલખાએ યુએસ કોર્ટમાં ફઈની સુનાવણીની અધ્યક્ષતા કરતા જજને ફઈના બચાવમાં પત્ર પણ લખ્યો હતો.
નવલખાને સીપીઆઈ (માઓવાદી) સંગઠનની ગુપ્ત પ્રવૃત્તિઓ માટે યુવાનોની ભરતી કરવાની જવાબદારી સોંપવામાં આવી હતી. એનઆઈએએ એવો પણ દાવો કર્યો હતો કે નવલખા પોતાના કૃત્યો છુપાવવા માટે માનવ અધિકારના કર્યોનો ઉપયોગ કર્યો હતો. માટે જ NIAએ દાવો કર્યો છે કે તેઓએ રાષ્ટ્રીય સુરક્ષા, એકતા અને સાર્વભૌમત્વને સીધી અસર કરતા કૃત્યો કર્યા છે.
એલ્ગર કેસ 31 ડિસેમ્બર, 2017 ના રોજ પુણેમાં આયોજિત એલ્ગાર પરિષદ પરિષદમાં ભડકાઉ ભાષણોથી સંબંધિત છે. પોલીસનો દાવો છે કે આ ભડકાઉ ભાષણોથી જ પુણે જિલ્લામાં કોરેગાંવ-ભીમા યુદ્ધ સ્મારક નજીક હિંસા ભડકી હતી. પોલીસે એવો પણ દાવો કર્યો હતો કે આ પરિષદને માઓવાદીઓનું સમર્થન હતું. આ હિંસા બાદ જ કેટલાક લોકોની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી, તેમાં જ ગૌતમ નવલખાની પણ ધરપકડ કરવામાં આવી હતી. આ મામલે તેમણે જમાનત માટે પ્રયત્નો કર્યા હતા. જો કે તેમને જમાનત ન મળે તે માટે તપાસ એજન્સીઓએ સબળ પુઅરવા રજુ કર્યા છે. આ બાબતે હજુ હાલમાં સુનવણી પણ થઇ નથી. એનઆઈએના વકીલ સંદેશ પાટીલે જસ્ટિસ એએસ ગડકરી અને જસ્ટિસ પીડી નાઈકની બેંચ સમક્ષ એફિડેવિટ દાખલ કરી હતી. બેંચ આ મામલાની વધુ સુનાવણી 27 ફેબ્રુઆરીના રોજ નક્કી કરી છે.